В 1655 г. выходит, наконец, в свет сочинение Гоббса «О теле», представляющее собой первую часть его философской системы. Работа была написана Гоббсом на латинском языке, но уже в следующем году появляется второе, английское, издание книги. Центральное место уделено в ней вопросам методологии. Здесь же содержится развернутое изложение материалистической философии Гоббса, сложившейся под решающим влиянием математики и механики.
Вторая часть «Основ философии», получившая название «О человеке», появляется в 1658 г. (на латинском языке). «Я выполнил наконец свое обещание» (3, I, 217),— писал Гоббс в посвящении, имея в виду завершение философской трилогии, начало которой было положено в 1642 г. публикацией «О гражданине».
25 мая 1660 г. король Карл II Стюарт торжественно въехал в Лондон. Правда, он возвращался в Англию не в качестве абсолютного монарха, так как обязался править страной совместно с парламентом. Король обещал также амнистию своим политическим противникам, свободу вероисповеданий, сохранение права собственности на имущества, приобретенные во время революции. Таким образом были санкционированы основные завоевания буржуазной революции.
В 1665 г. в Лондоне вспыхнула эпидемия чумы, а в следующем году город сильно пострадал от пожаров. Церковники поспешили воспользоваться этим для возбуждения религиозного фанатизма и преследований инакомыслящих. В бедствиях, постигших столицу, стали обвинять «безбожников»; начали составлять списки «атеистических сочинений», подлежащих сожжению. В них был внесен и «Левиафан».
Гоббс вновь был вынужден прибегнуть к самозащите. В двух небольших сочинениях (одно из них было посвящено истории ереси, другое — английскому праву) он стремится отвести от себя обвинения церковников и монархистов. С этой же целью философ перерабатывает «Левиафан», который выходит в 1668 г. в Амстердаме на латинском языке.
В этом издании Гоббс осуждает мятежи, направленные против «законной власти», с еще большей силой подчеркивает свою лояльность по отношению к реставрированной монархии, требует наказания для ее противников. Смягчению подвергается и критика духовенства, содержавшаяся в «Левиафане». Но, несмотря на эти серьезные коррективы, общий дух произведения остается прежним.
В том же 1668 г. Гоббс создает еще одно произведение. Оно посвящается событиям гражданской войны в Англии и получает название «Бегемот, или Долгий парламент». Поскольку Гоббсу запрещено было публиковать сочинения, имеющие отношение к религии и политике, «Бегемот» увидел свет лишь в 1682 г., когда его автора уже не было в живых. Несмотря на то, что Гоббс не скрывает в книге своих роялистских симпатий, она пронизана идеями антиклерикализма и убедительно показывает, что при всех своих колебаниях английский мыслитель выступал против феодальной реакции и церкви.
Последние годы жизни Гоббса проходят в интенсивной литературной работе. Он продолжает полемику со своими научными противниками, пишет книгу по истории церкви, на 84-м году жизни создает свою автобиографию (написанную латинскими стихами), а также приступает к переводу на английский язык поэм Гомера. Несмотря на преклонные годы, Гоббсу удается завершить эту огромную работу. В 1675 г. выходит в свет перевод «Одиссеи», в 1676 г.— «Илиады». В 1677 г. обе поэмы появляются в одном издании.
Умер Гоббс 4 декабря 1679 г. на 92-м году жизни. Он был похоронен в Гардвиге (Дербишир) в семейном склепе Кавендишей. На могиле философа была поставлена мраморная плита с латинской эпитафией: «Vir probus et fama